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Depende del tiempo que lleves haciéndolo.
Te explicaré un poco, el cuerpo puede utilizar 3 tipos de energía para mantener las funciones vitales. Las 3 energías son azúcares, grasas y proteínas. De las tres, la de menos valor es la proteína.
Con una dieta normal, los primeros minutos de ejercicio el cuerpo usa lo que has comido (azúcares o carbohidratos), luego de 30 minutos usa los aceites para mantenerse, no usa proteínas.
Si la dieta no es adecuada, y además el ejercicio es exigente, comenzará a usar los aceites más rápidamente, pero días después al no tener de dónde sostenerse le tocará usar las proteínas, entonces se puede comenzar a perder masa muscular.
No es sano dejar de comer (entiéndase como, tener largos períodos de ayuno) y hacer ejercicio. Tampoco es la forma ideal para perder peso. Por ello esa práctica no se recomienda. Alimentación balanceada y ejercicio regular es la clave.
Espero mi respuesta despeje sus dudas, si tiene alguna otra pregunta puede escribirnos.