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Esta prueba es una técnica de biología celular y molecular utilizada para identificación de proteínas de extractos celulares o tejidos, los cuales incluyen la sangre. Se realizan una serie de técnicas que están dirigidas a buscar proteínas específicas del virus ademas del antígeno p24(el cual es una proteína), dentro de las proteínas que pueden detectar se encuentran: p24, p32, gp41, gp120, gp160 y gp41. Según las proteínas detectadas se han establecido algunos criterios diagnósticos que permiten el reporte de la prueba como positiva o negativa. Todas esas proteínas mencionadas hacen parte de la estructura del virus del VIH, por lo cual lo que detectan es al virus mismo y no anticuerpos generados contra el. La técnica molecular puede utilizar anticuerpos creados de manera artificial para detectar estas proteínas.
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