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La pastilla del día después es un método anticonceptivo de emergencia que actúa produciendo aumento de la consistencia del moco del útero, es decir que lo vuelve más espeso para que los espermatozoides no puedan llegar a fecundar al óvulo y además interfieren con la ovulación de la paciente, la efectividad de éste tipo de medicamentos es mayor al 96% siempre que se tomen dentro de las primeras 72 horas de la relación sexual, ya que pasado éste tiempo la efectividad disminuye de forma considerable.
Para responder a tu pregunta, uno de los efectos adversos descritos con éste tipo de medicamentos es la irregularidad del ciclo menstrual, pudiendo dar lugar a sangrados persistentes, retrasos y ausencias del periodo, ésto puede presentarse por varios meses después de la toma, por lo que habiendo descartado un embarazo pienso que es muy probable que la ausencia de tu periodo sea secundaria al anticonceptivo.
En éste caso te recomiendo consultar con tu médico para que pueda descartar otras causas y determinar que manejo requieres según lo encontrado.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.