Tengo una niña de 3 años y su vagina huele muy feo.. su frotis vaginal le salió normal.. entonces que puede ser?

Definitivamente lo que comentas no es normal, el mal olor puede deberse a otras causas diferentes a una infección vaginal. En este caso hay que descartar una infección urinaria, la presencia de algún quiste o una fístula. Mi recomendación es que acudan al pediatra y dependiendo de su valoración consultar con un especialista en urología o ginecología para que determine cual es la causa según su examen y el tratamiento a seguir.