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Minoxidil tópico es un medicamento que actúa estimulando el crecimiento del folículo piloso y además es posible que estimule algunos folículos pilosos que se encuentran en descanso, para que crezca pelo.
Para responder a tu pregunta, los efectos adversos de éste medicamento son tópicos, cómo alergia, irritabilidad, quemazón, aumento de flujo sanguíneo, aumento de la cantidad de pelo, etc, esto significa que el medicamento no se absorbe en sangre y por ende no debería afectar tu dolor de cabeza.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.