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El fluconazol es un medicamento usado para erradicar las infecciones por hongos, actúa produciendo alteración de la permeabilidad de los hongos así que finalmenhe les causa la muerte y la infección queda erradicada.
La loratadina por otro lado, es un medicamento antihistamínico que actúa evitando la producción de síntomas alérgicos (mocos, estornudos, congestión nasal, tos, etc).
Para responder a tu pregunta, el fluconazol puede aumentar los niveles de loratadina en sangre, así que pueden producirse mayores efectos adversos de la loratadina, por lo que te recomiendo no tomar los medicamentos al tiempo.
Es probable que el fluconazol lo estés tomando para un cuadro infeccioso así que lo ideal es que finalices tu tratamiento, pero si puedes, te sugiero tomar la loratadina solo a necesidad, es decir cuándo tengas síntomas.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.