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No se ha demostrado que los medicamentos sean la causa del sindrome de colon irritable.
Hasta el momento no hay una causa clara de esta enfermedad, se cree que estas personas sufren de contracciones intestinales anormales o tienen la sensibilidad intestinal aumentada, por lo tanto el movimiento y gas normal es percibido como doloroso.
También hay una importante relación con infecciones intestinales previas, niveles de estrés y ansiedad elevados y alergias a alimentos, que en ocasiones incluso pueden simular esta enfermedad.