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En muchas ocasiones cuando se deja el método de planificación puede haber manchados intermenstruales, esto se debe que hay una irregularidad a nivel hormonal.
Recuerda que las inyecciones para planificar contienen una cantidad considerable de hormonas, que buscan regular el ciclo menstrual, al suspenderla, esto es uno de los efectos esperables.
Es posible que tarde entre dos o tres meses en regularse por completo tu ciclo, por lo que no debes angustiarte ni preocuparte con estos manchados.
Espero haberte podido orientar.