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No puedes estar embarazada ya que como tu lo dices estas usando la inyección y esta tiene una protección mayor al 98%. Debes tener presente que uno de los efectos de la inyecciones es que en algunas mujeres altera los ciclos menstruales haciéndolos irregulares e incluso puede presentarse ausencia del periodo menstrual, sin que esto implique que estas embarazada, por lo que las manchas que refieres pueden corresponder a tu periodo menstrual.
Sin embargo recuerda que la inyección no te protege de enfermedades de transmisión sexual por lo que adicional a la inyección debes utilizar preservativo.
Espero haber resuelto tu inquietud, cualquier otra duda estaremos atentos.