El tratamiento depende de si está con neutropenia o no, sin embargo con el tratamiento se busca la curación. Puede ser con Caspofungina vs Fluconazol entre otros. La candidiasis invasiva tiene un impacto relevante sobre los resultados de los pacientes y se ha calculado que la mortalidad atribuible a la Candidiasis invasiva representa un porcentaje tan alto como un 47%, aunque muchas autoridades calculan que la mortalidad atribuible es de 15% a 25% para adultos y de 10% a 15% para recién nacidos y niños.