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No, no esta descrito que la vaginosis bacteriana ni su tratamiento interfieran con la acción de las inyecciones anticonceptivas, por lo cual, puedes estar tranquila.
Ante tu proceso infeccioso si aun no has salido valorada en una consulta médica, de recomiendo acudir a una, para instaurar el manejo apropiado. Como medidas generales te recomiendo:
La inyección anticonceptiva trimestral debe aplicarse cada 90 días y en casos de error u olvido, cuentan con un margen de error de 2 semanas, en las cuales, puedes aplicarte la inyección 2 semanas antes o 2 semanas después de la fecha que corresponde, sin alterar su efectividad.
Recuerda que las inyecciones anticonceptivas, no protegen de enfermedades de transmisión sexual, por lo cual te recomiendo el uso en conjunto con los preservativos.
Espero haber aclarado tu duda, ante cualquier nueva inquietud, estaremos atentos. No olvides calificarnos.