Trabajo en manipulación de alimentos, y desde el dia de ayer estoy con malestar estomacal y diarrea, Procede el descanso médico?

No necesariamente, depende principalmente de las políticas de la empresa. Idealmente si deberías estar alejada de la manipulación de alimentos dado el cuadro actual, sin embargo mediante unas buenas medidas higiénicas (lavado constante de manos) así como métodos de barrera (guantes y tapa bocas) no debería ocurrir contaminación alguna.