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Metronidazol es un medicamento antibiótico de amplio espectro, es decir que cubre varios microorganismos, el actúa produciendo un bloqueo en la síntesis de material genético de las bacterias, lo que les genera la muerte y erradica la infección.
Para responder a tu pregunta, éste medicamento no distingue las bacterias malas (aquellas que nos producen infección) de las bacterias buenas (bacterias que se encuentran de forma normal en nuestro cuerpo para protegernos de otros microorganismos que causan infección), así que ambos tipos de bacterias mueren y cuándo las bacterias buenas (flora bacteriana) mueren, quedamos “desprotegidos” para que otros microorganismos nos produzcan cuadros infecciosos.
Es probable que haya sido esto lo que sucedió en tu caso para que se produjera infección vaginal y en la garganta, asociados al uso del medicamento.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.