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Depende del tipo de proteína. Si es una proteína que contiene altos niveles de carbohidrato aquellas que son especificas para aumento de peso rapido y en grandes cantidades, estas SI generan acné.
De lo contrario, las proteínas limpias o " whey protein" son aquellas que solo contiene proteína la mayoría a base de suero de leche y no contiene carbohidratos o muy poco, estas no empeoran tu acné.
Recuerda que se ha comprado que los alimentos o los suplementos con altos niveles de carbohidratos si pueden generar acné y es por eso que en tu caso te recomiendo consumir una proteína limpia. Recuerda asesorarte con nutricionista y deportólogo para saber cual suplemento puede ser el mejor para ti.