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Si tomaste algún medicamento anticonceptivo, es normal que presentes ese flujo marrón, que en términos médicos se llama sangrado por deprivación y se da por la carga hormonal a la cual fue sometido tu cuerpo y ya no lo está.
Si la prueba dio negativa, pues es poco probable que estés embarazada, así que mi recomendación es que esperes a tu siguiente ciclo para que se regularice todo el sistema hormona. Si en el siguiente, continúas con el manchado, pues te sugeriría una consulta a tu médico para definir la causa.