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Si, posiblemente la coloración oscura de tu flujo vaginal se deba a la toma de la píldora de emergencia, debido a la alta carga hormonal que esta contiene puede evidenciarse un sangrado menstrual irregular con las características que describes, esta irregularidad puede persistir por 3 a 4 ciclos más.
Si el flujo vaginal adquiere mal olor, y se acompaña de picor o cambia de coloración a verde, le sugiero acudir a consulta médica presencial, es necesario descartar una infección vaginal.
Debes tener en cuenta que la píldora de emergencia no es un método que debe ser usado de rutina, ya que sus efectos secundarios son prolongados. Si desea evitar un embarazo le sugiero acudir a consulta médica presencial, para iniciar un método de planificación regular.
Espero haber sido de ayuda, en caso de alguna otra inquietud estaremos atentos.