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La nitrofurantoina es un antibiótico que actúa evitando la síntesis de proteínas de la bacteria y finalmente erradican la infección, algunos de los efectos adversos que puede producir éste medicamento son: náuseas, vómito, inapetencia para la comida, entre otros.
Es probable que las náuseas que presentas puedan deberse a síntomas del embarazo que se juntaron con los del medicamento (no me queda claro si con 3 meses te refieres a 3 meses de embarazo), sin embargo, la nitrofurantoina es un antibiótico usado para infecciones urinarias y en caso de no tratarse tomando las dósis adecuadas, la infección puede complicarse produciendo una infección sistémica.
Por otro lado, la infección urinaria es una de las causas asociadas a aborto, por lo que si sientes que no toleras el medicamento te recomiendo consultar para que tu médico pueda ajustarlo pero desaconsejo la suspensión del tratamiento.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.