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Recuerda que siempre que se tenga relaciones sexuales, existe riesgo de embarazo, aún con el uso de métodos anticonceptivos, ya que ninguno es 100% efectivo.
La pastilla del día después es un método anticonceptivo de emergencia que funciona produciendo un aumento del la consistencia del moco del útero para que los espermatozoides no puedan llegar a fecundar el óvulo y además retarda la ovulación, lo ideal es administrarla dentro las primeras 72 horas luego de la relación sexual de riesgo, ya que pasado éste tiempo la efectividad disminuye de forma considerable.
Las pruebas de embarazo en sangre pueden encontrarse positivas incluso a los 8 días de la relación sexual y en orina a los 14 días, pero para mayor confiabilidad se recomienda tomar las pruebas en sanhreba los 10-14 días de la relación sexual y en orina con una semana de retraso, si tomaste la prueba el día 28 de septiembre, considero que los resultados son confiables y que es probable que el desarreglo menstrual sea causado por la pastilla (los síntomas cómo náuseas, mareos, etc, no aparecen de forma tan temprana en un embarazo por lo que su dudonque sea ésta la causa).
Si el retraso persiste, te recomiendo consultar con tu médico para determinar si hay necesidad de repetir el examen ó descartar otras causas.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.