Dependiendo de la ubicación de la infección y la presencia o no de lesiones como las verrugas así se orienta el tratamiento. Por lo general si la infección por el virus no está causando manifestaciones de lesiones algunas, el manejo es expectante y de seguimiento solamente. Si se presentan verrugas hay varias formas de tratarlas al igual que si se presentan lesiones en cuello uterino por ejemplo, donde la infección es frecuente y causal asociado de formación de cáncer.