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Lo ideal es que si estás en el inicio de un método anticonceptivo debes utilizar preservativo mientras consigues la protección adecuada de tu anticonceptivo. Siempre que tengas relaciones sin protección hay un riesgo de quedar en embarazo, para que lo tengas en cuenta.
El flujo marrón puede ser un sangrado intermenstrual que se asocie a la aplicación del anticonceptivo parenteral o a infecciones. Si se torna persistente, lo ideal sería que acudas con un médico general o ginecólogo para que verifique lo que podría estar ocurriendo.
Espero haber resuelto tu duda. Gracias por consultar y no olvides calificarnos.