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El fluconazol es un medicamento usado para el manejo de infecciones por hongos, suele bloquear la producción de unas sustancias especiales del hongo y finalmente le causa la muerte para erradicar la infección.
No se encuentra muy claro la interacción del fluconazol con los anticonceptivos inyectables, además no refieres el nombre del medicamento de administración trimestral, los datos descritos indican que el fluconazol podría aumentar los niveles de los componentes de la inyección por lo que debe usarse con cuidado (aunque según ésto, no disminuye su efecto anticonceptivo), algunos medicamentos usados para el manejo de infecciones actúan disminuyendo la efectividad del anticonceptivo (no está de forma específica el fluconazol), por lo que para éstos casos recomiendo el uso de preservativo, mientras se administra el tratamiento contra la infección, para mayor seguridad.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.