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En tu caso, dentro de las causas que pueden generar lo que nos cuentas se encuentra una condición conocida como liquen plano, el vitiligo, algunas infecciones micóticas (hongos) que no generan síntomas, entre otras alteraciones de la piel.
Es posible que los huequitos que mencionas sean normales, la imagen no es lo suficientemente clara para poder distinguirlos de otras afecciones, pero no parecen ser anormales y seguramente la caléndula no tengan nada que ver con estos.
Entonces, mis recomendaciones son: evita aplicarte unguentos en tu pene y acude a la consulta médica presencial para que se te valore en detalle y se pueda identificar y tratar la causa.
Espero haberte orientado.