Ambos medicamentos son antibióticos, PERO, pertenecen a grupos farmacológicos DIFERENTES que no voy a entrar a explicar, pero que hacen que uno y otro tengan formas de acción distinta y espectros bacterianos incluso distintos ( espectro quiere decir el tipo de bacterias que puede erradicar y cuales no ). Un riesgo de tener blefaritis crónica recidivante o que reaparece con frecuencia es que te cause orzuelos o chalaziones eventualmente por taponamiento e infección bacteriana de las glandulas de meibomio, para evitar eso y como profilaxis por eso se usa el antibiotico como te indicó el oftalmólogo. Debes seguir las indicaciones tal cuál te fueron dadas y ver como evolucionan las cosas en el tiempo.