La nitrofurantoina es un antibiótico principalmente usado para el manejo de infecciones urinarias, actúa evitando la síntesis de la pared de la célula bacerians y finalmente originandole la muerte (así erradica la infección).
Algunos de los efectos adversos a los que puede dar lugar éste medicamento son: cambios de coloración en la orina (que se ponga amarilla oscura ó marrón), náuseas, vómito, fiebre, malestar general, tos.
Es muy probable que la coloración de tu orina esté siendo causada por el medicamento, dado que has presentado mejoría te recomiendo continuar el tratamiento tal y cómo te lo indico tu médico para erradicar totalmente la infección.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.