No. No es conveniente hacerlo. Nuca debes ingresar ningún tipo de instrumento ni dedos en el conducto auditivo de nadie y menos de un bebé.
En los niños, ese conducto es muy corto, en caso de ingresar algún hisopo, hay mucho riesgo de perforar el tímpano.
Te recomiendo limpiar los oídos de tu bebé pasando un algodón húmedo en la parte externa del oído ( la oreja), no propiamente en el hueco.
Naturalmente la cera protege contra el ingreso de suciedad y microorganismos al oído interno, por esta razón no debemos retirarla, si hay un exceso, el mismo cuerpo lo expulsará por ese conducto.
Espero haberte orientado, atenta a tus próximas dudas.