Efectivamente la mupirocina es un medicamento antibiótico de uso tópico que actúa evitando la formación de las proteínas bacterianas y secundario a ello tampoco pueden reproducirse las bacterias y hay erradicación de la infección.
No está descrita de forma clara la interacción de éste antibiótico con otro tipo de medicamentos (quizá por su uso tópico).
Aunque es muy poco probable que la efectividad de los anticonceptivos disminuya con éste medicamento, te sugiero el uso habitual del preservativo dado que éste además de brindar protección anticonceptiva, te protege contra enfermedades de transmisión sexual.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.