Si, todo tipo de antibiótico o antiparasitario puede potencialmente alterar la flora intestinal.
La puedes reestablecer con consumo de kumis o kéfir o alimentos fermentados o encurtidos o consumo de probióticos en sobres que son de venta libre en cualquier farmacia, con las precauciones e indicaciones que dicen en la caja.
Los quiste de entamoeba coli NO requieren tratamiento, porque son la forma inactiva del parásito ( los trofozoitos de entamoeba coli sí) todos podemos portar los quistes sin generar síntomas. Por lo cual no te recomiendo tomar el metronidazol por ahora. Si sientes alguna molestia, te recomiendo comentarnos que sientes en otra pregunta o acudir a tu médico general para evaluar otra posibilidad diagnóstica, porque si únicamente fue detectado en el examen ese quiste, cómo te digo ese no es el origen de tu malestar y NO requiere manejo.
Espero haberte orientado, atenta a tus próximas dudas.