No, ninguno de los dos le hace daño a su bebe, si los usa según su prescripción medica, los ovulos de metronidazol tienen poca absorción en sangre haciendo difícil que lleguen a la leche materna, de todas formas por via oral tampoco causa problemas en los lactantes y el fluconazol se excreta en niveles muy bajos en la leche materna, inferior a lo que se le daría de manejo a un lactante, así que puede realizar su tratamiento sin problemas. Espero haber resuelto su duda.