No, la inyeccion anticonceptiva se la debe aplicar cada 90 días, independientemente de si presenta o no su menstruación. Es normal los manchados que tu pareja esta presentando durante su primer año de uso, y se irán normalizando a medida que el cuerpo se adapta a la carga hormonal.
Le recomiendo a tu pareja aplicarse la inyeccion cada 90 días y en casos de error u olvido, estas cuentan con un margen de error de 2 semanas, en las cuales, puedes aplicarte la inyeccion 2 semanas antes o 2 semanas después de la fecha que corresponde, sin alterar su efectividad.
Recuerda que las inyecciones anticonceptivas, no protegen de enfermedades de transmisión sexual, por lo cual te recomiendo el uso en conjunto con los preservativos.
Espero haber aclarado tu duda, ante cualquier nueva inquietud, estaremos atentos. No olvides calificarnos.