Según lo que cuentas creo poco probable que estés embarazada ya que has presentado la menstruación en dos ocasiones, después de la última relación sexual. Los síntomas de embarazo, realmente son muy inespecíficos y no se puede hacer una confirmación a partir de estos.
Si las pruebas caseras en orina han salido negativas, es poco probable que estés embarazada. Recomiendo, que si aún tienes dudas, realices una prueba en sangre.