Las dos enfermedades no tienen relación y pueden estar presentes al mismo tiempo en un mismo paciente. En cuanto al virus del papiloma humano, su curso no va a verse afectado por el ovario poliquístico. En tu caso sugiero que realices el tratamiento indicado por tu Ginecóloga, esto no se va a ver afectado por los quistes. El ovario poliquístico es algo que solo se puede ver en una ecografía, si esta no fue realizada antes, fue por esa razón que no se había diagnósticado.
Decidir tratar o no los ovarios poliquísticos queda a desición del ginecológo, ya que este depende de varios factores, incluyendo si existen otros síntomas asociados. Sugiero que le lleves la ecografía a tu ginecóloga tratante para que la revise y determine necesidad de tratamiento para eso.