Un daño intestinal infeccioso puede ser causado por diversos tipos de microorganismos patógenos entre ellos bacterias y parásitos principalmente, algunos puede ser la Giardia, la Ameba, la Escherichia Coli, la Salmonella, entre otras. Cada uno de estos microorganismos genera daño al intestino por diversas vías mecánicas, físicas o químicas propios de cada uno de ellos.