Claro que sí, puedes hacer el ejercicio que tu quieras, una fístula anal no representa ninguna limitación para realizar alguna actividad física. Requiere de otros cuidados como una dieta rica en fibra, ingesta abundante de líquidos y mucha precaución al limpiarte después de cada deposición, ya que podría sangrar.
Espero haber solucionado tus dudas.