Es muy difícil hacer un diagnóstico sin ver la lesión, sin embargo, haré mi mayor esfuerzo para hacer una aproximación.
Lo que describes puede estar relacionado a algo que llamamos pápulas perladas, estas son lesiones benignas (no cancerosas), no relacionado con el Virus del Papiloma Humano (VPH) y por lo tanto no transmisible. En ningún caso se trata de una infección de transmisión sexual.
La eliminación de las pápulas perladas (con fines estéticos, ya que no se trata de ninguna enfermedad), debe realizarla un especialista (la mayoría de las veces un dermatólogo).
Los métodos más utilizados incluyen: terapia láser de CO2, radiofrecuencia, usar nitrógeno líquido (crioterapia) o electrofulguración. No se recomienda el uso de ningún remedio casero ni intentar eliminarlas por cuenta propia, ya que no existe evidencia científica que avale su eficacia, además, podrías ocasionar mayor daño produciendo cicatrices o dañando permanentemente el pene.
Sugiero acudas con tu médico tratante, para valoración, diagnóstico y tratamiento oportuno.
Espero haberte orientado en tu inquietud, no dudes en volver a escribir si tienes otra pregunta.