El ibuprofeno y la amoxicilina no tienen interacciones significativas. Podrías tomarlos juntos si ambos fueron formulados.
Lo ideal es no tomarlos a la misma hora puesto que ambos tienen riesgo de causar síntomas gastrointestinales. Como ardor en la boca del estómago, dolor abdominal y, en el caso de la amoxicilina, diarrea.
Le recomiendo no automedicarse. Sobre todo si desconoce la forma de toma o la dosis, o la indicación para dichos medicamentos.
Si tiene más dudas no dude en reconsultar por éste medio.