La respuesta a tu pregunta es si, tras un periodo largo de administración (en periodos cortos también) pueden presentarse efectos adversos con éste medicamento.
La nimesulida, pertenece al grupo de los AINES (antiinflamatorios no esteroides) igual que otros medicamentos cómo naproxeno e ibuprofeno y actúa bloqueando ciertas sustancias que dan lugar al dolor y a la inflamación.
Los efectos adversos más importantes de los AINES incluyen los problemas gastrointestinales que puede ir desde dolor abdominal y diarrea hasta sangrado gastrointestinal, en éste caso el medicamento debe suspenderse; se han descrito casos de falla renal y hepática (presentan desgano para la comida, náuseas, vómito, perdida de peso, la orina se torna oscura).
De presentarse alguno de éstos, el medicamento debe suspenderse de forma inmediata; te recomiendo acudir con tu médico para que le comentes el dolor crónico que presentas luego de la infección por chikunguya y mirar si el dolor puede manejarse con otros medicamentos que tengan menos efectos adversos.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.