El riesgo de un embarazo es extremadamente bajo, dado que el método anticonceptivo que usas es muy efectivo y además utilizaron preservativo en las relaciones sexuales.
Ahora bien, los sintomas que estas presentando muy probablemente son secundarios a la mayor carga hormonal que representa haber aplicado dos inyecciones continuas (en la primera es probable que cierta cantidad si quedara en tu cuerpo), lo cual hace que los efectos adversos se intensifiquen, siendo esto normal y no indica que el método no cumpla su efecto.
Puedes estar tranquila, es un efecto adverso por la doble aplicación, debes seguir colocando la inyección el mismo día de cada mes. Ten presente, el método que estás usando tiene muy alta efectividad (94%), esto permite que tengas relaciones sexuales sin preservativo y el riesgo de embarazo sea extremadamente bajo, sin embargo se aconseja el uso del condón ya que es el único que evita el contagio de enfermedades de transmisión sexual, más no porque se necesite reforzar la anticoncepción.
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