La primera forma de diferenciar estas condiciones es la observación al examen físico, se inspecciona la parte de atrás de la boca, la faringe, para observar si hay enrojecimiento sugestivo de faringitis viral, o si hay acumulaciones de pus que sugerirían bacterias, o cambios en la coloración como lesiones grisáceas para sospechar gonorrea. Finalmente, el virus del herpes no provocará irritación en la zona sino erupciones cerca de los labios.
Si hay sospecha de gonorrea se procede a tomar exámenes como muestras de la faringe y exámenes de sangre para saber si la persona está infectada por el germen causante de la gonorrea.