La información médica disponible y confiable sobre el uso de repelentes en el embarazo es muy poca, sin embargo, los repelentes tienen un componente llamado DEET (dietil meta toluamida), éste compuesto está contraindicado en niños menores de 2 meses y no se recomienda en menores de 2 años.
Éste compuesto se absorbe por la piel y produce insomnio sin embargo no se conocen los efectos sobre el bebé en el embarazo por lo que no recomiendo su uso directo sobre la piel, podría usarse un repelente con una concentración de DEET de menos del 30% y aplicarlo sobre medias ó la ropa en mínimas cantidades y debe ser manipulado con guantes.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.