Es muy poco probable que te encuentres en embarazo, dado que como lo mencionas estás planificando con el implante subdérmico, y si éste aún no se ha vencido, el riesgo de embarazo es muy bajo. Los síntomas que presentas, las irregularidades en la menstruación, el manchado marrón y el dolor de cabeza, son efectos secundarios normales de éste tipo de método de planificación.
Recuerda que pese a que ningún método de planificación en 100% efectivo, el implante subdérmico tiene una eficacia de aproximadamente el 99%, sin embargo si tienes muchas dudas, puedes realizarte una prueba de embarazo en orina, siguiendo cuidadosamente las instrucciones del empaque, para que así quedes más tranquila.
No olvides que el preservativo es el único método que te protege de infecciones de transmisión sexual.