Siempre que se tenga relaciones sexuales aún con un método anticonceptivo, existe riesgo de embarazo, recuerda que ningún método es 100% efectivo, los implantes subdérmicos tienen una efectividad del 99%, lo que significa que anualmente, 1 de cada 100 mujeres con el implante subdérmico queda en embarazo, sin embargo, según las guías de la organización mundial de la salud para elegir métodos anticonceptivos, cuándo el implante se coloca en los primeros 5 días del período menstrual, no se requiere una protección anticonceptiva adicional (preservativo),
Con respecto al manchado que refieres, éste es común sobretodo en el primer año de colocación del implante, y se considera anormal siempre y cuándo el sangrado sea escaso pero de forma constante y que se acompañe de síntomas ó signos clínicos que sugieran una infección pélvica, otro efecto secundario de éste tipo de método es la amenorrea, es decir que tu período menstrual cese; el sangrado por implantación ocurre alrededor de unos 10 días después de la relación sexual por lo que considero poco probable que ésta sea la causa de tu cuadro clínico actual.
Recuerda que el implante subdérmico es un método anticonceptivo, que te protege de un embarazo no deseado, sin embargo, no te protege contra enfermedades de transmisión sexual por lo que te recomiendo el uso permanente de preservativo.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.