Sí es bueno.
El rol principal de los probióticos es reestablecer la flora bacteriana normal del organismo. En este caso, si estás tomando antibiótico, muchas veces estos eliminan no sólo las bacterias patógenas sino la flora normal también, por lo que puedes tomar probióticos y suplementos vitamínicos para reestablecer esta flora.
Recuerda visitar a tu médico para que te examine y te formule antibiótico en caso de requerirlo, no te automediques.