Si, el flujo marrón que describes se considera un efecto secundario frecuente luego de la toma de la píldora de emergencia, esta irregularidad del sangrado menstrual puede persistir inclusive por 2 ciclos más, esto debido a la alta carga hormonal de la píldora. Aunque como ya te mencione este efecto secundario es frecuente, no tiene porque presentarse cada vez que es tomada la píldora.
Recuerda que este método no debe ser usado de rutina, sus efectos secundarios son prolongados. Espero haber aclarado tu duda, en caso de alguna otra inquietud estaremos a gusto de responderte. No olvides calificarnos.