Si la prueba dio negativa luego de 3 semanas de la relación de riesgo, es extremadamente improbable que estés embarazada. Este sangrado con coágulos, muy probablemente se trataba de tu menstruación (que se puede adelantar o atrasar por la pastilla). Además, la pastilla de emergencia puede producir dolor abdominal y pélvico como efecto secundario, así que este síntoma que refieres muy probablemente se trataba de un efecto adverso de la pastilla, el cual es esperado.
En todo caso, es muy probable que NO estas embarazada, quédate tranquila y si deseas mantenerte sexualmente activa así como evitar un embarazo, te sugiero acudir a consulta de planificación para que instauren el mejor método anticonceptivo que se adapte de acuerdo a tus características físicas.
Espero haberte ayudado, gracias por consultarnos. Recuerda calificarnos.