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No, no lo habría.
Se pueden tomar, no existe documentada alguna interacción que contraindique usarlos de manera simultánea.
Recuerde que los antibióticos como el Trimetoprim Sulfa solo deben ser usados bajo prescripción médica, ante la confirmación clínica de presentar una infección de origen bacteriana, porque si son usados sin verdaderamente tener una infección bacteriana, se puede provocar resistencia bacteriana, lo que se traduce en crear súper bacterias resistentes a los antibióticos.
Espero haberla orientado, si tiene alguna otra inquietud, no dude en consultarnos.