No, es poco probable que el virus continúe en tu sistema. De hecho, la CDC ha indicado que el embarazo suele ser seguro pasados al menos 02 semanas luego de la desaparición de los síntomas del zika y no se ha visto relación de malformaciones en personas sin infección activa.
Es importante de todas maneras que menciones este dato en tu control médico. Espero te resulte útil. No olvides calificarnos.