En la gran mayoría de los casos las gastroenteritis son de causa infecciosa, un proceso inflamatorio secundario a la presencia de ciertos microorganismos. Las primeras causas son de tipo viral, seguida por bacterianas y por último las parasitarias. Al ser los virus lo más común, es lo que explica el hecho de que los cuadros de gastroenteritis sean generalmente autoresolutivos y autolimitados, sin requerimiento de manejo antibiótico.