Sí, puedes quedar embarazada.
Los anticonceptivos hormonales, pueden iniciarse en cualquier momento del ciclo menstrual, sin embargo se recomienda el uso de un método de barrera durante los primeros 7 días, para evitar un embarazo no deseado. Por lo que entendí, estas iniciando las pastillas anticonceptivas por primera vez, por lo que al tener relaciones sexuales al tercer día de iniciarlas, aún no te encontrabas protegida.
En caso de sospecha de embarazo o retraso mayor de una semana, deberás realizar una prueba de embarazo. Esta puede ser en orina, tomándola después de una semana de retraso, no olvides leer las instrucciones de la caja previamente para evitar errores. O puedes hacerte una prueba de embarazo en sangre, esta, se realiza de 10-14 días posterior a tu ultima relación sexual sin protección y mas confiable aún si la tomas el día que debió llegar tu periodo.
No olvides que el condón, no solo previene el embarazo no deseado, sino también las infecciones de transmisión sexual.
Espero haber podido ayudarte. En caso de tener alguna otra pregunta, no dudes en hacerla.