Las vacunas del esquema son muy seguras. Sin embargo hay que tener precauciones con algunas, las cuales serán indicadas al momento de la vacunación.
El esquema de vacunación de Colombia está avalado por la Sociedad Colombiana de Pediatría (SCP) y la Asociación Colombiana de Infectología (ACIN), entre otras. Los riesgos de contraer una enfermedad grave por no administrar la vacuna son mucho mayores que el riesgo de que la vacuna produzca una reacción grave.