Puede ser un efecto secundario del anticonceptivo.
Dentro de los efectos adversos mas comunes de los anticonceptivos hormonales, incluyendo las inyecciones son las alteraciones en el ciclo menstrual, es decir, puedes presentar ciclos irregulares, disminución en el volumen y días del sangrado menstrual, amenorrea (ausencia de la menstruación) o sangrado intermenstrual, que seria el que estas comentando. Siendo esto normal.
Te recomiendo continúes con la aplicación de la inyección en las fechas establecidas y recuerda que el uso del condón no solo previene embarazos no deseados, sino que es el único método anticonceptivo que previene enfermedades de transmisión sexual.
Espero haber podido ayudarte. En caso de tener alguna otra pregunta, no dudes en hacerla. No olvides calificarnos.